中医基础理论教研室始创于1986年，其前身是1978年建立的中医学基础教研室。目前主要承担本科中医学、针灸推拿学专业的《中医基础理论》《内经选读》的教学任务，以及非中医专业的《中医学概论》《中医学基础》等多门课程的教学任务，授课对象包括研究生、本科生、专升本等不同层次。2022年教研室承担的《中医基础理论》课程被评为国家级一流本科课程。

目前在编教师19名，包括教授8名、副教授4名及讲师7名，19名教师全部具有博士学位，其中博士生导师6名，硕士生导师7名。

近五年来，教研室教师主持、参加8项各级教学改革课题和课程建设项目。主编教材及专著11部，其中国家级规划教材4部。本学科成员获得科研项目共计40余项，包括国家重点研发计划项目、国家自然基金重点项目等在内的国家级项目16项，省级项目21项，厅局级课题3项；科研经费总计1000余万元。获得浙江省科学技术进步奖一等奖、二等奖、中华中医药学会科技进步二等奖、教育部科技进步一等奖等共计7项；学科成员发表高质量SCI论文及中文论文共计300余篇，其中SCI一区5篇，二区13篇，一级期刊100余篇。2名教师获得浙江中医药大学教学基本功竞赛一等奖。

教研室的主要研究方向：①中医病因病机创新研究：围绕重大慢性病“瘀毒互结”“瘀毒郁互结”中医原创理论，开展“理论-机制-临床”系统科学研究。②中医藏象理论及实践研究：运用发生学方法阐明中医藏象理论形成的科学性，聚焦重大慢性疾病开展藏象理论的现代科学内涵与临床应用研究。③医治未病理论与治则治法创新研究：基于中医“治未病”理念，开展重大慢性病早期预警机制、防治策略、行业标准、临床创新方案研究。天然活性先导化合物的衍生合成、作用机制和靶点研究,中药药效物质基础及作用机制研究等。